TVK hoitaa kaikkia tilanteita, joissa bongaus saattaa edellyttää erityisjärjestelyjä tai -ohjeistusta erilaisten haittojen minimoimiseksi tai koko bongauksen mahdollistamiseksi. Haitta voi kohdistua bongattavaan lintuyksilöön, muihin lintuihin, ympäristöön tai ihmisiin. TVK antaa ohjeita Lintutiedotuksen kautta ja operatiivisia ohjeita maastossa bongaustilanteen ollessa käynnissä. Bongaustilanteissa TVK:n jäsen tai sen valtuuttama henkilö toimii kenttäpäällikkönä, jonka ohjeilla on TVK:n valtuutus.
TVK toimii pääsääntöisesti yhteistyössä paikallisten harrastajien kanssa (joko linnun löytäjä tai bongari), jolla ainoastaan on useimmissa tilanteissa välttämätön tarkka tieto olosuhteista.
TVK:n selviteltäväksi voi tulla niin monenlaisia ongelmia, että niitä on mahdotonta etukäteen täsmällisesti ohjeistaa. TVK:n antamat ohjeet sitovat ehdottomasti kaikkia liiton jäseniä. Jäsenten on voitava kaikissa tapauksissa luottaa TVK:n harkintakykyyn.
TVK:n työskentelyä tapahtuu kahdessa eriluonteisessa vaiheessa: ennen tiedon levittämistä Lintutedotuksessa ja sen jälkeen. Ensinmainitun aikana on vielä epäselvää, voidaanko lintua ylipäänsä bongata. Sen aikana havainnosta ei tiedoteta kenellekään ulkopuoliselle. Niille joille siitä on pakko kertoa (esimerkiksi määrityskonsultti), korostetaan tiedon ehdotonta luottamuksellisuutta. Tänä aikana TVK:n jäsenet itse eivät lähde bongaamaan tai ryhdy bongausvalmisteluihin.
Heti kun on selvää, että bongaus on mahdollista, tehdään ilmoitus Lintutiedotukseen. Bongauksen kaikkien yksityiskohtien ei tässä vaiheessa tarvitse olla selvillä (saatetaan esimerkiksi tietää varmasti, että ryhmäbongaus suljetulle alueelle voidaan jossain vaiheessa järjestää, mutta ajankohta on vielä avoin). Tiedotuksen lähettämisen jälkeen noudatetaan bongarin toimintaohjeen (ilmoitusvelvollisuus) pelisääntöjä, ja kaikki olennaiset muutokset tilanteessa ilmoitetaan viiveettä Lintutiedotukseen.
Kun tieto harvinaisuudesta on jo levinnyt Lintutiedotukseen ja viimeistään kun ensimmäiset bongarit ovat saapuneet paikalle, on jo bongarien tasapuolisen kohtelun takia äärimmäisen vaikeaa keskeyttää alkanutta bongausta esimerkiksi bongauskiellon avulla. Tällaisessa tilanteessa joudutaan keskittymään vahinkojen ja ongelmien minimointiin. Tämä korostaa tiedon liikkeelle pistävän tahon vastuuta. Epävarmoissa tapauksissa on aina syytä ottaa yhteys TVK:hon ennen tiedon levittämistä. TVK ei voi ottaa vastuuta epäonnistuneesta tiedottamisesta ja sen seurauksista.

TVK aloittaa tapauksen käsittelyn saatuaan ilmoituksen tilanteesta, jossa sen apua saatetaan tarvita.
Tämän yhteydenoton tuloksena joko TVK ottaa järjestely- ja tiedotusvastuun itselleen ja alkaa selvittää asiaa tai TVK:n rooli rajoittuu ohjeiden antamiseen (pysäköintipaikat, kulku alueelle, kokoontuminen), jolloin bongari voi itse hoitaa tiedottamisen. Mikäli tiedotukseen liittyy TVK:n vahvistamia ohjeita, tämä todetaan Lintutiedotukseen pantavassa viestissä. TVK:n antamat ohjeet sitovat ehdottomasti kaikkia liiton jäseniä.
Kaikissa tapauksissa on selvästi sovittava, kummalle osapuolelle (bongari vai TVK) tiedotusvastuu jää.
Jos tiedotusvastuu jää TVK:lle, bongari ainoastaan osallistuu tilanteen selvittelyyn niillä tavoilla, jotka on TVK:n kanssa sovittu (yhteys maanomistajaan, kulkureittien kartoitus tms), mutta ei tiedota asiasta muille eikä ryhdy bongausvalmisteluihin. Henkilökohtaisten asioiden (ilmoitus perheelle tai pomolle) hoitaminen on tietysti hyväksyttävää, mutta ei esimerkiksi lippujen varaaminen, kyytien järjestely tai porukan kokoaminen. Selvittelyn aikana havainnosta ei siis tiedoteta kenellekään ulkopuoliselle.
Jos TVK päätyy pimittämään havainnon, siitä ei kerrota kenellekään ennen TVK:n märittelemän karenssiajan umpeutumista. Esimerkiksi pesivät linnut eivät pääsääntöisesti ole bongattavissa. Poikkeustapauksissa (esim. poikasten pesästä lähdön jälkeen) bongaus saattaa tulla kyseeseen TVK:n ohjeiden mukaisesti.
Lajinmäärityksen epävarmuus sellaisenaan ei ole syy lykätä tiedottamista, kunhan epävarmuuden laatu ja määrä ilmoitetaan niin selkeästi kuin se on tiedossa. Linnun kunnollinen dokumentointi on yhtä lailla linnun löytäjän kuin bongarienkin edun mukaista. Nykyisillä laitteilla bongarit voivat usein lintua häiritsemättäkin kauempaa avustaa dokumentoinnissa, ja ohjeistuksella on yleensä mahdollista pitää bongarijoukko poissa häiritsemästä niissä tapauksissa, joissa yhden tai useamman henkilön täytyy dokumetointisyistä lähestyä lintua.
Jos ennen Lintutiedotuksen julkaisemista (tai sen jälkeenkin) täytyy valita henkilö tai pieni ryhmä, joka etuoikeutettuna pääsee lähestymään ja dokumentoimaan lintua, näiden henkilöiden valintaan on kiinnitettävä erityistä huomiota. Pääsäntöisesti TVK:n jäsenet eivät itse lähde tällaiseen tehtävään.
Sama koskee myös niitä poikkeuksellisia, erityisen vaikeita ja toivottavasti ääriharvinaisia tilanteita, joissa jonkun bongari-tyyppisen henkilön on perusteltua tehdä katselmus bongauspaikalla ennen tiedon levittämistä (ja mahdollista pimittämistä).

TVK vastaa yhdessä hallituksen kanssa siitä, että liiton jäsenten ohjeiden vastaiseen toimintaan puututaan.
TVK ottaa asian hoitaakseen saatuaan ilmoituksen tai havaittuaan, että Bongariliiton jäsen on toiminut toimintaohjeiden vastaisesti. Ilmoituksen on oltava henkilön ja tilanteen osalta yksilöity. TVK:lla ei yleensä ole resursseja selvitellä tapauksia, joissa ”bongarit ovat toimineet huonosti” tai ”pyydän selvittämään, onko Kuopion isohaarahaukan tapauksessa toimittu ohjeiden vastaisesti”. (”Luokka 0”)
TVK:n saaman ilmoituksen perusteella sen edustaja keskustelee jäsenen kanssa. Keskustelu johtaa johonkin seuraavista:

1. Todetaan, että ohjeista ei ole olennaisesti poikettu.
2. Jos ohjeista poikkeaminen on vähäinen, ja jäsenen ja TVK:n välille syntyy keskustelun tuloksena yhteisymmärrys, että jäsen korjaa toimintatapojaan ohjeiden mukaisiksi, asia jää tähän.
3. Jos yhteisymmärrystä ei synny eikä toiminta TVK:n mielestä ole ollut hyväksyttävää, TVK antaa jäsenelle kirjallisen huomautuksen. Päätöksen tästä tekee TVK:n enemmistö. Jos jäsen pitää huomautusta aiheettomana, hän voi kahden viikon kuluessa kirjallisesti vaatia hallitusta kumoamaan sen. Voimaan jääneet huomautukset voidaan julkaista hallituksen päättämässä laajuudessa.
4. Jos poikkeaminen on toistuvaa tai erityisen moitittavaa, TVK voi enemmistöpäätöksellä ehdottaa, että hallitus antaa jäsenelle varoituksen. TVK ilmoittaa tästä hallitukselle ja jäsenelle välittömästi. Jäsenelle annetaan mahdollisuus esittää kirjallisesti omat näkökantansa. Hallitus pyrkii ratkaisemaan asian mahdollisimman pian. Hallituksen päätöksellä voidaan varoituksen saanut jäsen irrottaa määräajaksi Lintutiedotuksesta ja/tai varoitus ja sen saajan nimi voidaan julkaista.
5. Jos on ilmeistä, että ohjeiden noudattaminen tuottaa jäsenelle kohtuuttomia ongelmia, hallitus voi erottaa jäsenen liiton jäsenyydestä.

TVK käsittelee tapaukset omalta osaltaan kuukauden kuluessa ilmoituksesta. Mikäli tapaus on kuukauden kuluttua edelleen jollain tavalla avoin, se siirtyy automaattisesti hallituksen vastuulle.

TVK:n ja hallituksen yhteisessä TVK-kertomuksessa, joka julkaistaan hallituksen päättämällä tavalla jäsenistölle, esitetään kohtien 0-2 tapausten määrät ja pääkohdat tapauksista kohdissa 3-5. Bongausjärjestelyistä kerrotaan tarpelliseksi katsotussa laajuudessa. Kertomuksen luonnoksen laatii TVK:n sihteeri, joka toimittaa sen yhdistyksen sihteerille sovitun aikataulun mukaisesti hyvissä ajoin ennen julkaisemista. Hallitus viimeistelee kertomuksen.